Il-mikroskopju tal-fluworexxenza u l-mikroskopju ordinarju għandhom id-differenzi li ġejjin
1. Il-metodu ta 'illuminazzjoni huwa normalment epi-illuminazzjoni, jiġifieri, is-sors tad-dawl huwa pproġettat fuq il-kampjun permezz tal-lenti oġġettiva;
2. Is-sors tad-dawl huwa dawl ultravjola, il-wavelength huwa iqsar, u r-riżoluzzjoni hija ogħla minn dik ta 'mikroskopji ordinarji;
3. Hemm żewġ filtri speċjali. Dak quddiem is-sors tad-dawl jintuża biex jiffiltra dawl viżibbli, u dak bejn il-biċċa tal-għajn u l-lenti oġġettiva jintuża biex jiffiltra raġġi ultravjola biex jipproteġi l-għajnejn tal-bniedem.