Hemm żewġ aspetti ewlenin, wieħed huwa proteomika strutturali, u l-ieħor huwa proteomika funzjonali. Il-fruntieri tar-riċerka tagħha huma bejn wieħed u ieħor maqsuma fi tliet oqsma:
(1) Stabbilixxi l-proteome jew is-sottoproteometru u l-grupp ta' rabta proteome tiegħu għal organiżmi jew ċelloli tat-tessuti relatati mad-database tal-ġenoma jew tat-traskrizzjoni, jiġifieri, proteomika kostituttiva.
(2) Iwettaq proteomika lokali jew proteomika komparattiva ta' sistemi jew proċessi fiżjoloġiċi u patoloġiċi importanti għal proċessi tal-ħajja importanti jew mard maġġuri tal-bniedem.
(3) Biex tistudja l-interazzjoni bejn il-proteini permezz ta 'varjetà ta' teknoloġiji avvanzati u timmappja l-proteini ta 'ċerta sistema, jiġifieri, proteomika interattiva, magħrufa wkoll bħala proteomika "atlas taċ-ċelloli".
Barra minn hekk, bl-approfondiment tar-riċerka proteomika, tfaċċaw xi direzzjonijiet ġodda ta 'riċerka, bħal proteomika subċellulari u proteomika kwantitattiva. Proteomics huwa metodu ta 'riċerka importanti tal-bijoloġija tas-sistemi.